อดีตวัดร้างเมื่อครั้งกรุงแตกกลับรุ่งเรืองอีกครั้งในฐานะสำนักปฏิบัติกรรมฐานอันสงบร่มเย็นในบรรยากาศกรุงเก่า มเหยงคณ์ มีรากศัพท์ภาษาบาลีว่า มหิยังคณ์ แปลว่า ภูเขาหรือเนินดิน ตรงกับเขตพุทธาวาสของวัดที่ตั้งอยู่บนเนินดินสูง ตามหลักฐานที่ปรากฏในพงศาวดารเหนือบันทึกไว้ว่า พระนางกัลยาณี มเหสีของพระเจ้าธรรมราชา ( พ.ศ. 1844-1853) กษัตริย์องค์ที่ 8 แห่งกรุงอโยธยาเป็นผู้สร้างวัดมเหยงคณ์ขึ้นก่อนจะสถาปนากรุงศรีอยุธยาราว 40 ปี แต่ในพงศาวดารฉบับพระราชหัตถเลขากล่าวว่าเมื่อ พ.ศ. 1967 สมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ 2 หรือเจ้าสามพระยาแห่งกรุงศรีอยุธยาเป็นผู้สร้างวัดมเหยงคณ์ ตรงกับพงศาวดารฉบับหลวงประเสริฐอักษรนิติแต่ผิดกันที่บันทึกว่าสร้างวัดใน พ.ศ. 1981 แต่ประวัติศาสตร์ที่ตรงกันคือวัดมเหยงคณ์คือวัดสำคัญแห่งหนึ่งในสมัยอยุธยา มีพระอุโบสถที่ใหญ่ที่สุดในจังหวัด กว้าง 18 เมตร ยาว 36 เมตร ภายในมีแท่นฐานชุกชี 2 แท่น พระพุทธรูปประธานเป็นหินทรายแต่พังทลายลงแล้ว ส่วนผนังอุโบสถซึ่งก่อด้วยอิฐสีแดงเป็นจุดสังเกตเห็นได้ในระยะไกล รอบพระอุโบสถมีกำแพงแก้ว 2 ชั้นและมีใบเสมาทำจากหินสีเขียว หลังพระอุโบสถคือพระเจดีย์ประธานฐานช้างล้อม ฐานทักษิณสี่เหลี่ยมจตุรัส ประดับช้างปูนปั้นตามซุ้มรอบฐานรวม 80 เชือก และยังมีลานธรรมจักษุหรือโคกต้นโพธิ์ เนินดินรูปสี่เหลี่ยมจตุรัสยาว 58 เมตร กว้าง 50 เมตร สันนิษฐานว่าอาจเป็นที่ตั้งพลับพลาที่ประทับของพระเจ้าหงสาวดีตะเบ็งชะเวตี้ ด้านตะวันออกของพระวิหารเป็นที่ตั้งของเจดีย์ทรงลังกา 2 องค์ สภาพโดยรวมของวัดเป็นซากปรักหักพังเนื่องจากร้างมานานตั้งแต่หลังเสียกรุงครั้งที่ 2 แต่เมื่อ พ.ศ. 2527 พระครูเกษมธรรมทัต หรือปัจจุบันคือพระภาวนาเขมคุณ วิ.เข้ามาตั้งสำนักกรรมฐานขึ้นในบริเวณวัดมเหยงคณ์ ทำให้โบราณสถานเก่าแก่ได้รับการดูแล กรมศิลปากรที่ขึ้นทะเบียนวัดมเหยงคณ์เป็นโบราณสถานของชาติตั้งแต่ พ.ศ. 2484 ก็ได้เข้ามาช่วยบูรณะ ทำให้ทุกวันนี้วัดมเหยงคณ์กลายเป็นสถานปฏิบัติธรรม จัดบวชเนกขัมมภาวนาประจำเดือน จัดบวชถือศีล 8 ประจำวัน ตลอดจนจัดบวชพระสงฆ์ประจำเดือนและพระสงฆ์จำพรรษา สมกับเป็นแหล่งเผยแผ่พระธรรมที่เคยรุ่งเรืองมาช้านานตั้งแต่สมัยอโยธยาและอยุธยา เปิดให้เข้านมัสการ หรือติดต่อปฏิบัติธรรมได้ทุกวัน เวลา 08.00 -17.00น. โทร. 0 3588 1601-2, www.watmaheyong.org
