แม้ไม่ปรากฎหลักฐานว่าใครเป็นผู้สร้าง สร้างเมื่อใด ทว่าวัดราชประดิษฐานแทรกอยู่ในฉากชีวิตเหล่าเจ้านายชั้นสูงสมัยอยุธยามาโดยตลอด ดังปรากฎในพระราชพงศาวดารหลายครั้ง เช่น สมเด็จพระมหาจักรพรรดิ์เมื่อครั้งดำรงพระอิสริยยศเป็นพระเฑียรราช ผนวชที่วัดนี้ เนื่องจากสมเด็จพระไชยราชาธิราชเพิ่งเสด็จสวรรคต พระยอดฟ้าเสด็จขึ้นครองราชย์ขณะพระชนมายุยังน้อยนัก เพื่อตัดระแวงว่าจะทรงแย่งชิงราชสมบัติ พระเฑียรราชจึงผนวชเสียที่วัดนี้ และเมื่อก่อนเสียกรุงฯ ใน พ.ศ. 2310 พระเจ้าอุทุมพร กรมขุนพรพินิตหรือขุนหลวงหาวัด ซึ่งผนวชที่วัดประดู่โรงธรรมนอกพระนครเสด็จมาประทับที่วัดราชประดิษฐาน จนกรุงแตกแล้วพม่ายังเชิญพระองค์กลับไปด้วย ทิ้งให้วัดรกร้าง จนเพิ่งได้รับการบูรณะในสมัยพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6 โปรดเกล้าฯ ให้ขุนศรีสงครามเป็นแม่กองปฏิสังขรณ์วัดเมื่อ พ.ศ. 2460 สิ่งก่อสร้างเก่าแก่สมัยอยุธยาที่ยังเหลือให้ชมคือใบเสมาคู่สลักจากหินทรายแดงสมัยอโยธา ที่ปักรอบทั้งแปดทิศแสดงหลักเขต ภายในมีพระประธานทรงเครื่ององค์สีทองนามว่า พระบรมไตรโลกนารถ และภาพจิตรกรรมฝาผนังภายในพระอุโบสถสมัยอยุธยา ซึ่งพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 เคยเสด็จพระราชดำเนินมาทรงทอดพระเนตร และโปรดเกล้าฯ ให้กรมขุนราชสีหวิกรมถ่ายอย่างภาพนี้ไว้ และรัชกาลที่ 5 เคยเสด็จพระราชดำเนินทอดพระเนตรภาพเขียนนี้ถึง 2 ครั้ง แต่ปัจจุบันลบเลือนไปหมดสิ้นแล้วเพราะพระอุโบสถไม่มีหลังคา และต่อมาทางวัดรื้อถอนเพื่อสร้างพระอุโบสถใหม่ เมื่อ พ.ศ. 2507 ด้านทิศตะวันออกของวัดคือวัดท่าทราย ซึ่งถูกรวมอยู่กับวัดราชประดิษฐาน เรียกว่า คณะท่าทราย มีเจดีย์ทรงปรางค์ลักษณะแปดเหลี่ยมเรือนธาตุ มีซุ้มจระนำ ประดิษฐานพระพุทธรูปประทับยืนพระหัตถ์ขวาซ้อนทับพระหัตถ์ซ้าย ส่วนพระอุโบสถมีพาไลทั้งด้านหน้าด้านหลังใบเสมาสมัยอยุธยาตอนปลายตั้งอยู่บนฐานบัวกลุ่ม ใบเสมามีขนาดเล็ก เอวคอด สลักลายตรงกลางเป็นรูปทับทรวง สันนิษฐานว่าสร้างในสมัยรัชกาลสมเด็จพระนารายณ์ลงมา วัดท่าทรายยังเป็นที่พักพิงของพระมหานาค ผู้แต่งบุรโณวาทคำฉันท์ เรื่องราวของสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศขึ้นไปนมัสการพระพุทธบาท
