จุดเด่นอีกแห่งนอกจากหลวงพ่อโตหรือเจ้าพ่อซำปอกงที่ชาวจีนเรียกขานกันแล้ว วัดพนัญเชิงยังมีเนืองแน่นไปด้วยผู้คนที่มาสักการะศาลพระนางสร้อยดอกหมากหรือศาลเจ้าแม่แอเนี้ย ที่เปี่ยมไปด้วยตำนานรักที่จบลงด้วยโศกนาฏกรรมในยุคก่อนสถาปนากรุงศรีอยุธยา ตำนานปรัมปราของพระนางสร้อยดอกหมาก ผู้เป็นพระราชธิดาแห่งเจ้ากรุงจีน ซึ่งพระราชทานแด่พระเจ้าสายน้ำผึ้ง พระมหากษัตริย์แห่งกรุงอโยธยา เมื่อเสด็จพระราชดำเนินทางชลมารคถึงพระนครโดยปลอดภัยแล้ว พระเจ้าสายน้ำผึ้งรับสั่งให้พระนางรอที่เรือพระที่นั่งอยู่ก่อน แล้วจึงเสด็จเข้าสู่พระราชวังหลวงเพื่อให้จัดขบวนมาต้อนรับอย่างสมพระเกียรติ ครั้นเมื่อขบวนมารับพระนาง กลับไม่แลเห็นพระเจ้าสายน้ำผึ้งเสด็จมารับด้วยพระองค์เอง พระนางน้อยพระทัยจึงรออยู่ที่เรือเสีย ไม่ยอมขึ้น พระเจ้าสายน้ำผึ้งจึงสัพยอกว่าเมื่อมาถึงแล้วไม่ขึ้นก็จงอยู่ที่นั่นเสีย เป็นเช่นนี้อยู่สองหน จนพระนางสร้อยดอกหมากทรงกลั้นพระทัยสิ้นพระชนม์ ยังความโศกสลดพระทัยแก่พระเจ้าสายน้ำผึ้งยิ่งนัก จึงโปรดเกล้าฯ ให้สร้างศาลขึ้น ณ บริเวณที่พระราชทานเพลิงพระศพ เพื่อรำลึกถึงอดีตว่าที่อัครมเหสีผู้ด่วนจากไป หากความสำคัญของศาลแห่งนี้คือการเป็นเครื่องยืนยันความสัมพันธ์แนบแน่นระหว่างไทย-จีนมาช้านานตั้งแต่สมัยก่อนอยุธยา เพราะจังหวัดนี้ โดยเฉพาะละแวกวัดพนัญเชิงจนถึงวัดคลองสวนพลูมีชุมชนชาวจีนตั้งรกรากอยู่หนาแน่นเรื่อยมาจนปัจจุบัน ยังมีการจัดงานสืบสานประเพณีจีน เช่น งานเทกระจาด งานล้างป่าช้าจีน เป็นต้น ตัวศาลพระนางสร้อยดอกหมากนั้นเต็มไปด้วยสถาปัตยกรรมและศิลปะจีน ป้ายหน้าศาลมีทั้งอักษรไทยและจีน เขียนว่า เปยเหนียง หากแปลแยกจะได้ความว่า หญิงสาวผู้โศกเศร้า แต่หากแปลรวมจะหมายถึง พระแม่ผู้เปี่ยมเมตตา ศาลเป็นอาคารก่ออิฐถือปูน2 ชั้น ตกแต่งลวดลายปูนปั้นสวยงาม ชั้นล่างเป็นเจ้าที่ ส่วนชั้น 2 ประดิษฐานเจ้าแม่กวนอิม ซึ่งนับถือกันว่าเป็นตัวแทนรูปเคารพของพระนางสร้อยดอกหมาก มักมีผู้คนมาขอพรเรื่องความรัก คู่ครองและการมีบุตร เมื่อสมความปรารถนาแล้วมักนำผ้าแพร ไข่มุก เรือสำเภาจำลองหรือเชิดสิงโตถวาย ที่นี่ยังเก็บสมอเรือเก่าแก่ไว้อันหนึ่ง เชื่อกันว่าเป็นสมอเรือของพระนางสร้อยดอกหมาก คนไทยเข้าชมฟรี สำหรับชาวต่างชาติเสียค่าเข้าชมคนละ 20 บาท
